PLAGH-MIT Critical Data Datathon
Datathon玩家手册
在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
Datathon是什么?
Data + Hackthon = Datathon
在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
Datathon是一项新颖的数据实践活动,其前身是源自于硅谷的“Hackthon”。Hackthon通常是短期,高强度的小组竞赛,旨在促进各大公司的技术创新和新观念的产生。对于医疗数据分析来说,Datathon是通过组建跨学科的团队,在短期内以小组竞赛的形式完成临床研究项目,旨在汇集知识背景和技术不同但互补的参与者,包括临床专家、数据科学家、统计学家、工程师和计算生物学家等,通过使用来自“真实世界”的医疗数据,基于数据计算的方法,合作解决临床医生面临的众多问题和未满足的医疗需求。
在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
Datathon怎么玩?
在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
Datathon活动机制
小组竞赛Datathon队长提出研究问题现场招募队员理工医多学科团队组成小组,现场实操数据,完成研究题目,现场评审。活动持续时间两天,周五晚上路演,招募队员,初步组建跨学科团队,周六日Datathon数据实践,周日下午汇报评选。

基于往年活动反馈,今年Datathon活动拟进一步扩大参赛人数和竞赛团队数量,并且在专业化的数据竞赛平台上开展活动。竞赛内容方面,除了基于MIMIC和eICU等数据库开展的临床效果比较类研究,增设Sepsis预测预警模型数据集(由MIT计算生理学实验室团队和解放军总医院数据团队联手打造),便于高校、研究机构、企业等发挥其在机器学习领域的技术优势,发展智能化疾病预测预警模型。

整个Datathon活动分为三个阶段:

筹备期
● 确定临床题目
(全国海选,确定Datathon队长,与MIT/哈佛医学院团队和国内临床专家团队互动,将临床问题转化为科研问题,并测试-筛选-确定研究题目)
竞赛阶段
1.路演,所有参赛的带队临床医生对题目进行阐述,进行2分钟的路演,招募队员 ;
2.组队。一般datathon小组的人员配置为:2~3名临床专家,3~5名医工人员, 1~2名高校或企业人员;
3.对题目进行组内讨论,明确研究问题,并根据数据集情况选用合适的数据库及研究变量;
4.进行数据提取及数据分析的工作;
5.项目汇报展示。竞赛组准备3分钟的幻灯汇报,在比赛最后一天下午进行展示。组委会进行评审并颁奖。
后续合作
● 形成合作团队
Datathon团队成员进一步合作,基于Datathon的题目进一步优化研究题目和方案, 完成项目并发表论文)

在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
参赛人员要求
在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
临床人员(带队医生)
最重要的是有明确的研究思路!
我们希望通过Datathon可以解答医生们在日常工作中遇到的问题
筹备期:带队医生根据平时遇到的问题及感兴趣的方面,提出初步的研究问题;
招募队员:作为带队医生,需要做两分钟的路演,阐述题目,并招募队员;
Datathon实战期:与小组成员一起制定研究问题,明确研究队列、暴露变量、结局变量等,并根据数据库情况及时调整计划,指导辅助工程人员进行数据分析,最后进行成果汇报


在datathon,团队将获得3种确定的电子病历数据集。团队可以选择使用这些数据集中的一个或全部来回答他们的临床问题
工程人员

工程人员主要负责数据提取、处理、分析、建模、结果呈现等工作
要求至少满足以下一条
会至少一种数据分析的工具:Python/R/SPSS/SAS等;
会使用数据提取的语言:SQL

2018年参考视频





往期活动参考题目

2018年活动参考题目

使用301数据库/MIMIC/eICU

1、Do you know how sepsis looks like in old patients

2、Establish a death prediction model for acute myocardial infarction complicated with cardiogenic shock (PMICS)

3、The establishment of a novel MODS scoring system

4、Research on the core index extraction and prediction and warning of traumatic hemorrhagic shock based on a screening algorithm

5、Prediction of Extubation Failure in ICU Patints Using the MIMIC-III Clinical atabase

6、Combination of RDW, NLR, CRP and triglyceride in a composite bioscore to predict the outcomes of patients with acute pancreatitis

7、A forecasting system for antibiotic sensitivity in ARDS patients

8、Is ICU-acquired hypermatremia predictable?

9、The ratio of serum procalcitonin(PCT)and(1,3)-β-D-glucan(BDG)for the differential diagnosis between candidaemia and bacteraemia

10、The comparative analysis of the effect of sequential therapy onhigh-flow oxygen inhalation and noninvasive ventilation after ventilatorwithdrawal

使用MIMIC/eICU

11、Hypotension May Probable Increase Adverse Outcomes in ICU Patients after Noncardiac Surgery

12、Can serum lactate or nitrogen catabolic rate impact outcomes of septicAKI patients undergoing continuous renal replacement therapy

13、Risk stratification and prognosis of patients with atrial fibrillation in ICU

14、Early warning of sepsis in critically trauma patients

15、The relationship between hypophosphatemia and mortality in patients withsepsis

16、Hemodynamic Impact of Oxygen Desaturation May Predict UnfavorablePrognosis in Acute Pancreatitis Patients

17、The relationship between hemoglobin concentration and prognosis inseptic patients

18、Risk factors of ICU patients with pancreatitis

19、Ischemic Stroke in the ICU

2017年活动参考题目

1、What is the urine output in the 6 hours before a significant norepinephrine   dose increase vs. the 6 hours after such an increase in patients with sepsis associated acute kidney injury(AKI)?

2、The effectiveness, safety and outcomes of bolus vs. continues infusion of loop diuretics among critically ill patients with a bad response to routine dose of diuretics

3、PEEP level and weaning progress in COPD patients

4、Multiple risk factors analysis for predicting Incident of major adverse cardiac event in postoperative vascular patients

5、Will CVP/MAP probably increase in severe ARDS patients?

6、A study of early warning features for oliguria in ARDS patients

7、The effect of hypocapnia on the prognosis of patients with type II respiratory failure after mechanical ventilation

8、The prognosis value of platelete and Hb after IABP in AMI patient

9、The relationship between diuretic resistance and prognosis of patients in ICU

10、The relationship among drug sensitivity , antibiotic therapy and patient's conditions in nosocomial infection of Non-fermentives

11、Study on the Risk Early Warning Model of Death in 48 Hours of Patients with Acute Heart Failure due to Acute Myocardial Infarction in-Hospital Based on Machine Learning Algorithm

12、The Association Between Peripheral Venous PO2 And Clinical Outcomes In Septic Patients

13、The relationship between BMI and the duration mechanical ventilation postoperative

14、The treatment for sepsis: water load as the initial standard for hem filtration

15、Big data based case matching to predict personal prognosis

2016年活动参考题目

1、TotalFluid balance and mortality in elderly critically ill patients

2、SerumNT-proBNP level and the length of mechanical ventilation

3、Trendsin the use of continuous renal replacement therapy critically ill patients from2001 through 2012

4、Variationin the treatment of hypotension according to time of day and/or day of the week

5、The effect of age and clinical circumstances on the outcome of redblood cell transfusion in critically ill patients.

6、The use of intra-aorticballoon pump and lactate clearance